COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.556811
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.626470
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.667607
2021-06-04 17:00:00 2.627199 4.763508 4.723209
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 4.802308
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 4.858255
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 4.893222

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.231061 3.468165
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.598582
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 3.725733
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 3.800491
2021-06-03 17:00:00 3.448276 4.168663 3.916387
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 4.070942
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.093323

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 1.851852 1.851852 8.582101
2021-06-06 17:00:00 15.422886 15.422886 8.363400
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.366769
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.725678
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.916031 8.964537
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.307163
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.524502

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 5.525710
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.636461
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.677102
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.636491
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.705670
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.755636
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.670826

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 8.416548 8.416548 4.634435
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 4.691800
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.659054
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.765284
2021-06-03 17:00:00 5.112570 5.112570 4.848703
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 4.914610
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 4.983622

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 17.032967 17.032967 9.571104
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 9.610488
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 9.748117
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 9.876750
2021-06-03 17:00:00 24.116424 12.950042 10.066356
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 10.080538
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 10.005898

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 2.183406 2.183406 1.341373
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 1.415510
2021-06-05 17:00:00 3.231764 1.084949 1.468868
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 1.488239
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.457317 1.554323
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 1.608233
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 1.679455

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 6.256901 2.625976 2.819705
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 2.912798
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 2.999446
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 3.041748
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.117108
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.127952
2021-06-01 17:00:00 2.136518 2.136518 3.119240

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.494525 1.877565
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.976920
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.161589
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.313756
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.414484
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.568505
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 2.655129

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.178619 2.754830
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.832003
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 2.940087
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 3.064343
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.226778 3.221286
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.375266
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.504710

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.825650 5.105141
2021-06-06 17:00:00 2.748259 6.465517 5.167017
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 5.232171
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.330207
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.315581 5.562280
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.714016
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.811343

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 1.134248
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 1.162030
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 1.131511
2021-06-04 17:00:00 0.000000 1.970443 1.152543
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 1.132206
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.177275
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.147764

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 1.762115 1.762115 4.493049
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.664186
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.666458
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.816461
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 5.100780
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.384394
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.524813

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 2.757011
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 2.853010
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 2.911842
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.048409
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.564103 3.212870
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.354560
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.443654

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 3.898635 7.387914 4.804909
2021-06-06 17:00:00 4.237845 4.237845 4.881240
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 4.742474
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.717464
2021-06-03 17:00:00 8.308042 8.308042 4.751239
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.830519
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.894192

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 10.060976
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 10.232515
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 10.814774
2021-06-04 17:00:00 6.220248 15.717723 10.787984
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 11.197417
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 11.269817
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 11.528514

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 0.674663 2.398801 2.534684
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 2.570901
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.470216
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.466200
2021-06-03 17:00:00 4.634831 4.634831 2.399212
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 2.354643
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 2.292267

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 4.961832 8.476463 6.137825
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 6.217085
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 6.258848
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.266037
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.293412
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.250058
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.220644

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.938206 2.810071
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.891582
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.912179
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 2.997416
2021-06-03 17:00:00 5.090312 3.121329 3.101139
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.199059
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.269896

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 4.054054 4.054054 4.378333
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 4.353967
2021-06-05 17:00:00 3.769841 7.357212 4.269832
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.533187
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.079137 4.509479
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 4.545295
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 4.723269

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 9.677419 9.677419 5.458278
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 6.079166
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 6.167583
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 6.200456
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 6.416655
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 6.627570
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 7.158060

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 4.984803
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.153151
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.350972
2021-06-04 17:00:00 0.315861 5.753685 5.575789
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 5.874168
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.215448
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 6.394436

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.318937 1.231061 3.468165
Basilicata 1.851852 1.851852 8.582101
Calabria 3.142627 3.142627 5.525710
Campania 8.416548 8.416548 4.634435
Emilia-Romagna 17.032967 17.032967 9.571104
Friuli Venezia Giulia 2.183406 2.183406 1.341373
Lazio 6.256901 2.625976 2.819705
Liguria 0.863132 0.494525 1.877565
Lombardia 2.090079 1.178619 2.754830
Marche -2.010050 1.825650 5.105141
Molise 1.382488 1.382488 1.134248
P.A. Bolzano 1.762115 1.762115 4.493049
P.A. Trento 2.395210 2.395210 2.757011
Piemonte 3.898635 7.387914 4.804909
Puglia 9.135400 9.135400 10.060976
Sardegna 0.674663 2.398801 2.534684
Sicilia 4.961832 8.476463 6.137825
Toscana 6.065201 2.938206 2.810071
Umbria 4.054054 4.054054 4.378333
Valle d'Aosta 9.677419 9.677419 5.458278
Veneto 3.049759 3.049759 4.984803

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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